Command & Conquer: Red Alert diễn ra trong một khoảng thời gian không xác định trong những năm 1950 của một vũ trụ song song, được vô tình tạo ra bởi Albert Einstein trong cố gắng ngăn chặn Chiến tranh thế giới thứ hai

Bắt đầu vào năm 1946, tại bãi thử Trinity của New Mexico, đoạn mở đầu của Red Alert cho thấy Albert Einstein dường như đang chuẩn bị đi du hành vượt không gian và thời gian. Sau khi thiết bị thử nghiệm của ông là "Chronosphere" được kích hoạt, ông đã thấy mình ở Landsberg, Đức, vào năm 1924, nơi ông gặp Adolf Hitler ngay sau khi Hitler vừa được thả tự do khỏi nhà tù Landsberg sau khi bị bắt vì gây ra vụ Đảo chính Nhà hàng Bia. Sau một cuộc trò chuyện ngắn giữa hai bên, Einstein bắt tay của Hitler và bằng cách nào đó Einstein loại bỏ sự tồn tại Hitler và Einstein quay trở về năm 1946.

Với sự đe dọa của Đức Quốc xã đã bị loại bỏ khỏi lịch sử, thì Liên Xô bắt đầu phát triển ngày càng mạnh mẽ dưới sự lãnh đạo của Joseph Stalin. Liên Xô bắt đầu mở rộng ảnh hưởng với Trung Quốc và sau đó bắt đầu bắt đầu xâm lược Đông Âu, để hoàn thành được tầm nhìn của Joseph Stalin là Liên bang Xô Viết trải dài trên khắp 2 lục địa Á-Âu. Để đối phó, các quốc gia châu Âu kết thành liên minh, và bắt đầu một cuộc chiến tranh du kích nghiệt ngã chống lại quân đội Liên Xô. Trong suốt câu chuyện của trò chơi, Đồng Minh và Xô Viết chiến đấu trong một cuộc xung đột tàn khốc để kiểm soát lục địa châu Âu thay thế cho Chiến tranh thế giới thứ hai.

Kết thúc của phe Đồng Minh

Sau khi phá hủy thành lũy cuối cùng của Xô Viết, một nhóm lính Đồng Minh phát hiện ra Stalin bị chôn sống trong đống đổ nát. Trước khi họ định tháo dỡ các mảnh vỡ đang đè Stalin, Tướng Nikos Stavros bắt họ dừng lại. Ông đã thuyết phục họ rằng họ không thấy gì trước khi họ rời khỏi. Stavros sau đó dùng một khăn tay bịt miệng của Stalin trước khi đè lên đầu Stalin bằng một tảng đá lớn và bỏ đi. Kết quả này buộc Kane-người đã sử dụng Liên Xô để có được quyền lực và Brotherhood của ông phải lui vào hoạt động bí mật, dẫn đến các sự kiện của Command & Conquer đầu tiên. Ngoài ra, kết thúc này mở đường cho phần tiếp theo là Red Alert 2.

Kết thúc của phe Xô Viết

Khi Xô Viết ăn mừng chiến thắng của họ ở Cung điện Buckingham mới chiếm được, Stalin chúc mừng Tư lệnh (người chơi) vì đã làm tốt công việc nhưng sau đó lại nói rằng "Anh sẽ được chăm sóc tốt" (ám chỉ việc ông sẽ loại bỏ Tư lệnh) trong khi ông uống một tách trà, chỉ để đột nhiên nhận ra rằng trà đã bị đầu độc bởi Nadia. Nadia dùng súng bắn chết Stalin khi độc tố trong trà bắt đầu có tác dụng. Sau cái chết của Stalin, Nadia nói cho Tư lệnh biết rằng Liên Xô bây giờ là nằm dưới sự cai trị của Brotherhood of Nod, vốn có kế hoạch lui vào trong bóng tối một lần nữa và sẽ xuất hiện trở lại trong những năm 1990 và để Tư lệnh làm lãnh đạo bù nhìn của USSR để chuẩn bị cho Nod "trong tương lai gần". Cô ngay sau đó bị phản bội và bắn chết bởi Kane, người đã lộ rõ ông mới là kẻ chủ mưu thật sự.

Nhân vật

Đồng Minh

• Đại thống chế Gunter von Esling, sĩ quan Đức, Tổng tư lệnh các lực lượng ở châu Âu, và rõ ràng là nhà lãnh đạo lực lượng quân sự của châu Âu. Do Arthur Roberts thủ vai.
• Nikos Stavros, sĩ quan Hy Lạp, Chỉ huy thứ hai sau Günther Von Esling. Do Barry Kramer thủ vai.
• Tanya Adams, đặc vụ bí mật. Do Lynne Litteer thủ vai.
• Giáo sư Albert Einstein, nhà vật lý người Đức. Do John Milford thủ vai.
• Ben Carville, sĩ quan Mĩ. Sĩ quan chỉ huy của người chơi trong bản mở rộng Retaliation. Do Barry Corbin thủ vai.

Xô Viết

• Joseph Stalin, Tổng bí thư của Liên bang Xô viết. Do Eugene Dynarski thủ vai.
• Nadia, thủ lĩnh của NKVD. Do Andrea C. Robinson thủ vai.
• Nguyên soái Gradenko, chỉ huy quân đội Liên Xô. Do Alan Terry thủ vai.
• Tướng Georgi Kukov, chỉ huy của Hồng quân. Do Craig Cavanah thủ vai.
• Tướng Topolov, sĩ quan quân sự cấp cao và là cố vấn cho người chơi trong Retaliation. Do Alan Charof thủ vai.
• Kane, cố vấn bí mật của Joseph Stalin. Do Joseph D. Kucan thủ vai.

Mối liên kết với các trò chơi thuộc phân nhánh Tiberian

Westwood Studios thiết kế Command & Conquer: Red Alert là để giải thích cho Command & Conquer: Tiberian Dawn [2][3][4][5] và phân nhánh Tiberian.

Kane (đang đứng) cố vấn cho Joseph Stalin (chính giữa), với Nadia (bên trái) và Gradenko (bên phải

Trong diễn biến chiến dịch của Xô Viết, Kane được cho thấy là xuất hiện một cách không thường xuyên như là một cố vấn bí mật của Joseph Stalin, và cốt truyện ngụ ý rằng Kane trong thực tế là người gây ra cuộc chiến tranh thế giới giữa Liên Xô và các quốc gia Đồng Minh để tiếp tục các mục tiêu lâu dài của Brotherhood of Nod [8]. Thực vậy, Nadia, người đứng đầu của NKVD, người tình của Stalin và rõ ràng là một thành viên bí mật của Brotherhood vào những năm 1950, chỉ thị người chơi "giữ hòa bình" cho đến khi Nod làm "tê liệt Liên Xô trong thập niên 1990" ngay sau khi kết thúc chiến dịch của Xô Viết trong Red Alert [9]. Tuy nhiên Kane bắn chết Nadia và tuyên bố với người chơi rằng ông "chính là tương lai" [10]. Hơn nữa, trong đoạn phim thứ năm của chiến dịch Đồng Minh, theo tin tức báo cáo về việc Đồng minh để mất Hy Lạp là họ đột nhiên nghe nói rằng Liên Hiệp Quốc đang trong quá trình thành lập một lực lượng đặc biệt nhằm ngăn chặn xung đột toàn cầu trong tương lai [11]. Lực lượng đặc nhiệm này được biết với tên gọi "Special Operations Group Echo: Black Ops 9"-chính là tiền thân của Global Defense Initiative là tổ chức cùng với Brotherhood of Nod là một trong hai phe phái chính của phân nhánh Tiberian.

Một giả thuyết gây tranh cãi nhằm giải quyết các lỗi thời gian tồn tại giữa Command & Conquer: Tiberian Dawn và Command & Conquer: Red Alert 2 là xem xét Red Alert là nguồn gốc của hai cốt truyện song song. Nếu chiến dịch của Xô Viết được hoàn thành trong Red Alert, Liên Xô sẽ nổi lên như là thế lực chi phối Á-Âu và Kane cùng Brotherhood of Nod sau đó sẽ kiểm soát đế chế mới này. Ngược lại, nếu chiến dịch Đồng Minh được hoàn thành, Đồng Minh sẽ chiến thắng và sẽ dẫn đến những sự kiện của Red Alert 2 (mặc dù Red Alert 2 đã hoàn toàn bỏ qua bất cứ điều gì có thể kết nối nó với phân nhánh Tiberian). Theo nhà cựu thiết kế của C&C là Adam Isgreen,Tiberian Dawn trong thực tế là diễn ra sau kết thúc của chiến dịch Đồng Minh trong Red Alert [12], trong khi Red Alert 2 và Yuri's Revenge diễn ra trong một vũ trụ song song thứ hai, được tạo ra bởi một nỗ lực mới để làm thay đổi lịch sử trong "Tiberian Incursion" [13] vốn là một phiên bản của Command & Conquer 3 do Westwood Studios đã bị ngưng phát triển [14]. Isgreen cũng ngụ ý rằng Nikola Tesla có thể đã vô tình có trách nhiệm trong việc thu hút sự chú ý của Scrin qua cuộc thí nghiệm của ông, và vì thế đã dẫn đến sự xuất hiện của Tiberium trên Trái Đất [15].

Hình ảnh nhìn thấy vào lúc kết thúc của việc cài đặt Red Alert' trên (Windows 95). Lời lấy từ cuốn tiểu thuyết Nineteen Eighty-Four của George Orwell

Khi Command & Conquer: The First Decade được phát hành vào tháng 2 năm 2006, Electronic Arts đã thông qua chính sách xem xét thương hiệu C&C bao gồm ba vũ trụ khác biệt, với quyết định này đã rõ ràng vi phạm các kết nối cốt truyện giữa Red Alert và Tiberian Dawn của Westwood Studios. Với việc Command & Conquer 3: Tiberium Wars phát hành vào tháng 3 năm 2007, Electronic Arts công bố một tài liệu trong đó một tham chiếu rõ ràng về sự xuất hiện của Kane trong Red Alert, tiết lộ rằng bộ phận tình báo của GDI là "InOps" sở hữu của các hình ảnh của Kane mà được chụp bởi đặc vụ của CIA trong thời kỳ năm 1950 của Red Alert [16].